台鐵產業工會4月到北檢告發，單身的吳長智違規佔用多房型宿舍，影響到其他已婚、有家庭的員工權益，對此台鐵台鐵進行內部調查，證實吳男確實有違法占用，並違規私設車棚，但台鐵卻宣稱「未有濫用職權申請、未有圖利」，引起工會不滿。
另外吳長智還被指控利用工會祕書身分，詐領每月6000元的「乘務加給」，時間長達10年，累積金額76萬元。
台鐵董事長鄭光遠回應，內部已啟動政風調查，並將結果呈報廉政署，廉政署報請北檢指揮偵辦，北檢11日指揮廉政署兵分6路搜索，約談吳長智及在台鐵行控處擔任科長的謝姓女友，全案朝詐欺取財、偽造文書等罪嫌偵辦，至於吳長智占用台鐵宿舍一事，不在檢廉今天調查的範圍內。
昨晚間兩人被移送北檢複訊，全案朝詐欺及偽造文書等方向偵辦，12日凌晨檢察官諭令吳長智以10萬元交保，謝姓女子則獲請回。
