大法官在判決中強調，憲法設置國家機關的本意，就是要讓政府各機關發揮功能，不能因為人事換屆就停擺。大法官作為守護憲法的最後一道防線，功能更必須運行不輟。雖然總統提名、立院同意是權力分立的設計，但若總統和立法院因為政治鬥爭，導致大法官人選難產，憲法絕對不容許政治部門藉此癱瘓司法，讓大法官「被消失」。
判決指出，過去大法官開會是依照現有總額比例，但這次憲法訴訟法修法，卻強硬規定至少要10人參與開會才能評議，雖此評議門檻已超過大法官法定總額的半數，但未考慮現有總額的人數是否已達此評議門檻，造成大法官能否評議，深受總統大法官人事提名權或立法院大法官人事同意權的影響。
大法官認為，《憲訴法》既成為國家法律體系的一環，在不牴觸憲法的前提下，大法官自應尊重，不得一概摒棄不用。但憲法既是國家最高位階法規範，則用以規範大法官解釋憲法程序的憲訴法，自然就一定要能維護憲法最高法位階性為前提。
如果憲訴法的規定，已導致大法官行使職權被封鎖、阻礙，或不能妥適宣示憲法內涵，這就是違背憲法直接賦予大法官的職權，大法官就不應受拘束。否則將造成立法機關未來可以透過制定或修正不符合憲法的憲訴法，藉此封鎖、阻礙大法官職權的行使，或讓大法官不能妥適宣示憲法內涵，掏空大法官的憲法解釋權，擺脫憲法對立法院議決的一切法律案（含預算案）的控制，使憲法的最高法位階性落空，讓立法院通過的法律反居於實質上最高法位階的嚴重後果。
回顧去年10月31日7名大法官任期屆滿前、後，經總統兩度提名大法官人選，惟均未獲得立法院通過，導致去年11月1日起迄今，大法官人數僅有8人，根據修法後的最低出席評議人數，完全無法作出任何憲法判決，只能將聲請案件擱置或為不受理裁定，根本是「實質上癱瘓大法官職權」！此一欠缺配套規定的修法嚴重違反權力分立原則，應屬違憲。
