判決理由首先指出，憲法及憲法增修條文雖規定了司法院大法官的職權與人數，但對於大法官如何行使職權則保持沉默，這是有意基於權力分立與制衡的考量，賦予大法官「程序自主權」，使其能不受黨派及政治影響。
大法官明確表示，如果規定大法官職權行使的法律如《憲法訴訟法》已經導致大法官的職權行使被封鎖、阻礙，或無法妥適宣示憲法內涵，則該法律已違背憲法意旨，大法官不應受其拘束。否則，立法機關將可透過修法手段封鎖大法官職權，進而擺脫憲法對法律案的控制，導致憲法最高位階性落空。
判決認為，針對本次審查標的《憲法訴訟法》部分修正條文，從法律適用邏輯來看，條文既然是被審查的對象，就不能同時扮演「程序規範」的角色；如果大法官在審查該規定是否違憲時，仍受該規定的高門檻限制，將陷入「循環論證」的荒謬結果。
也就是說，若必須先以該規定合憲為前提才能進行審理，無異於「未審先判」，根本違背公正審判要求；而若最後認定該規定違憲，卻又是依照該違憲程序而導出的判決結果，將完全悖離正當法律程序的要求。
判決理由指出，目前大法官僅剩8人，且因立法院否決繼任人選，缺額產生的時間難以預期。在這種情況下，若將「持續拒絕參與評議」的3位大法官計入現有總額，將導致法庭因人數不足現有總額三分之二（即6人）而無法實質審理任何案件。
大法官援引法理認為，已在職的大法官若持續拒絕參與評議，其性質與「迴避」或「未到職」無異，在個案審理中應視同「缺額」，不計入大法官現有總額的人數內，以避免發生「拒絕審判」的情事，並確保大法官的憲政功能，在極端例外情況下仍能正常發揮。
